代表口座円普通預金やつかいわけ口座に残高がない場合でも、証券コネクト口座に残高があれば引落しされますか？

引落しされません。

証券コネクト口座の残高を口座振替の引落しに利用する場合は、引落日までに代表口座円普通預金または、引落し先に指定しているつかいわけ口座へ振替えてください。